劳动仲裁案件中，企业败诉的主要原因包括以下方面：

劳动合同相关问题：

不签订劳动合同：2008 年《劳动合同法》规定，工作满一个月未签书面劳动合同，用人单位需支付双倍工资。部分企业尤其是中小企业，因不了解法律规定或想规避责任而不与员工签订合同，一旦员工能证明存在劳动关系，企业基本会败诉。

劳动合同遗失或被员工带走：企业管理不善，导致劳动合同遗失或被离职员工拿走，当员工主张双倍工资差额时，企业无法证明已签合同，从而败诉。

劳动合同到期后未续签：企业忽视合同到期问题，未及时与员工续签合同。员工与企业发生矛盾时，以未续订书面劳动合同为由要求企业支付工资，企业需承担不利后果。

试用期管理问题：

未约定试用期员工录用条件：企业未在合同或规章制度里明确约定试用期员工的录用条件，当以员工不符合录用条件为由解除劳动合同时，无法提供证据证明，会被认定为违法解除。

规章制度问题：

规章制度未公示：依据劳动合同法，规章制度需经民主程序制定且公示后才对员工生效。企业援引未公示的规章制度与劳动者解除合同，在劳动纠纷中该规章制度不会被仲裁或法院认可。

规章制度虽经公示但未保留证据：企业虽已公示规章制度且实际适用，但未保留公示证据，员工不承认时，企业同样面临规章制度不被认可的困境。

证据方面的问题：

考勤记录未经员工签字确认：企业的考勤记录只有员工自己或负责考勤人员的签字，没有员工的确认。这种人工考勤记录易被伪造，员工不认可其真实性时，无法作为证据使用，导致企业解除劳动合同的行为因缺乏事实依据被认定违法。

举证不力：劳动争议中用人单位承担更多的举证责任，企业平时不注重证据的收集和留存，如在证明员工违纪、不能胜任工作等情况时无法提供有效证据，易导致败诉。

解除劳动合同的程序问题：

解除理由不合法：企业以 “与企业发展方向不符”“不符合企业文化” 等非法定理由解除劳动合同，会被认定为违法解除，承担不利后果。

以不能胜任工作或客观情况发生重大变化为由解除合同，但程序不合法：《劳动合同法》规定，以员工不能胜任工作为由解除劳动合同，需经培训或调整工作岗位这一前置程序。企业未履行该程序，会被认定为违法解除。

解除劳动合同的决定或其他文书未送达员工：企业做出解除劳动合同的决定后，因员工离职或拒收等原因未采取其他措施送达并保留送达证据，根据民法原则，未送达的通知不发生法律效力，企业提交的解除决定不被认可。

企业自身管理不规范：

薪酬支付问题：企业无故拖欠、克扣员工工资、提成、奖金、年薪或者加班工资等，员工以此为由申请仲裁，企业容易败诉。

shebao缴纳问题：试用期不缴纳shebao，或在员工工作期间未依法为其缴纳社会保险，企业存在明显的违法违规行为，在仲裁中会处于不利地位。